首頁(yè) > 期刊 > 自然科學(xué)與工程技術(shù) > 醫(yī)藥衛(wèi)生科技 > 皮膚病與性病 > 中國(guó)麻風(fēng)皮膚病 > 特應(yīng)性皮炎患兒血清中microRNAs芯片的生物信息學(xué)分析 【正文】
摘要:目的:利用生物信息學(xué)方法分析特應(yīng)性皮炎(AD)患兒血清中表達(dá)差異的microRNAs (miRNAs),探討其靶基因的功能及調(diào)控的信號(hào)通路在疾病的發(fā)生發(fā)展中的作用。方法:從基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫(kù)(GEO)中下載8例AD患兒的血清和8名健康兒童的血清樣本中miRNAs的表達(dá)數(shù)據(jù),利用R 3.4.1軟件包篩選差異表達(dá)的miRNA,選取其中最具差異表達(dá)的miRNA進(jìn)行后續(xù)分析并利用熒光定量PCR進(jìn)行驗(yàn)證。利用mirTarbase數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)其靶基因,采用cytoscape 3.5.1軟件及其插件ClueGO、CluePedia進(jìn)行靶基因的GO功能、KEGG信號(hào)通路富集。結(jié)果:在AD患兒血清中共篩選出相對(duì)于正常對(duì)照的差異表達(dá)miRNAs 7個(gè),其中上調(diào)miRNAs 2個(gè)、下調(diào)miRNAs 5個(gè)。結(jié)合文獻(xiàn)選取其中最具差異表達(dá)的miRNA-126進(jìn)行下一步分析。熒光定量PCR結(jié)果顯示,較于健康兒童,AD患兒血清中miRNA-126表達(dá)水平下調(diào)。數(shù)據(jù)庫(kù)共預(yù)測(cè)出靶基因110個(gè),GO分析顯示差異表達(dá)基因主要涉及血管通透性的調(diào)節(jié)、RAC蛋白信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、內(nèi)皮細(xì)胞增殖的調(diào)節(jié)、基質(zhì)黏附依賴(lài)性細(xì)胞擴(kuò)散、活化MAPKK活性、磷蛋白結(jié)合等功能,KEGG 分析提示其在包括FoxO信號(hào)通路、NF-κB信號(hào)通路、B細(xì)胞受體信號(hào)通路、VEGF信號(hào)通路等17個(gè)通路中富集。結(jié)論:利用生物信息學(xué)方法能有效對(duì)AD患兒血清中miRNAs芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行挖掘,為進(jìn)一步研究AD發(fā)生發(fā)展機(jī)制及尋找潛在的藥物治療靶點(diǎn)提供參考。
注:因版權(quán)方要求,不能公開(kāi)全文,如需全文,請(qǐng)咨詢(xún)雜志社
主管單位:中國(guó)科學(xué)技術(shù)協(xié)會(huì);主辦單位:中國(guó)麻風(fēng)防治協(xié)會(huì);山東省皮膚病性病防治研究所
一對(duì)一咨詢(xún)服務(wù)、簡(jiǎn)單快捷、省時(shí)省力
了解更多 >直郵到家、實(shí)時(shí)跟蹤、更安全更省心
了解更多 >去除中間環(huán)節(jié)享受低價(jià),物流進(jìn)度實(shí)時(shí)通知
了解更多 >正版雜志,匹配度高、性?xún)r(jià)比高、成功率高
了解更多 >