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基于轉(zhuǎn)錄組金銀花AP2基因家族的生物信息學(xué)及表達(dá)分析
- 金銀花
- ap2轉(zhuǎn)錄因子
- 基因鑒定
- 表達(dá)分析
摘要：為研究金銀花AP2轉(zhuǎn)錄因子參與低溫的應(yīng)答機(jī)制,本研究基于低溫下金銀花轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù),利用在線生物信息學(xué)工具對(duì)金銀花AP2轉(zhuǎn)錄因子的理化性質(zhì)、亞細(xì)胞定位、磷酸化位點(diǎn)、蛋白基序以及進(jìn)化分析進(jìn)行鑒定和分析;利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)3個(gè)DREB基因和1個(gè)RAV基因在低溫脅迫下的表達(dá)情況。結(jié)果表明,在金銀花中共篩選了34個(gè)AP2轉(zhuǎn)錄因子,不同轉(zhuǎn)錄因子之間的理化性質(zhì)存在差異,表明其在不同的微環(huán)境中發(fā)揮不同的功能;亞細(xì)胞定位結(jié)果顯示,僅有2個(gè)AP2定位于葉綠體,其余均定位于細(xì)胞核,符合其作為轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控下游基因的表達(dá)特性;所有AP2的磷酸化位點(diǎn)均依次表現(xiàn)為絲氨酸>蘇氨酸>酪氨酸;根據(jù)AP2中所含有的AP2數(shù)量以及序列同源性,可將34個(gè)AP2分為四個(gè)大類,20個(gè)AP2屬于ERF亞家族,3個(gè)屬于DREB亞家族,RAV亞家族僅有1個(gè),其余10個(gè)屬于AP2亞家族。實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)結(jié)果表明,DREB和RAV基因均能響應(yīng)低溫脅迫,且不同低溫處理時(shí)間的不同組織的表達(dá)量存在差異。本研究為闡明金銀花AP2轉(zhuǎn)錄因子響應(yīng)低溫脅迫的機(jī)制奠定了一定的理論基礎(chǔ)。
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核農(nóng)學(xué)報(bào)
- 預(yù)計(jì)1-3個(gè)月 預(yù)計(jì)審稿周期
- 2.02 影響因子
- 農(nóng)業(yè) 快捷分類
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主管單位：農(nóng)業(yè)農(nóng)村部;主辦單位：中國(guó)原子能農(nóng)學(xué)會(huì);中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)產(chǎn)品加工研究所（前中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院原子能利用研究所）
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