基于石榴全基因組序列的SSR標(biāo)記開發(fā)及鑒定
- 石榴
- 基因組
- ssr
- 標(biāo)記開發(fā)
- 多態(tài)性
摘要：【目的】利用cDNA文庫篩選的石榴SSR多態(tài)性標(biāo)記數(shù)量有限,為進(jìn)一步推動石榴遺傳多樣性分析、遺傳圖譜構(gòu)建、品種鑒定等研究,有必要系統(tǒng)開發(fā)高效穩(wěn)定的分子標(biāo)記位點(diǎn)。【方法】本研究根據(jù)已發(fā)表的石榴基因組測序數(shù)據(jù)利用MISA軟件對1~6核苷酸重復(fù)的SSR位點(diǎn)進(jìn)行了查找,分析了不同類型SSR位點(diǎn)的序列特征,進(jìn)而設(shè)計引物并檢測了引物的有效性和多態(tài)性?！窘Y(jié)果】(1)石榴基因組中共檢測到146 445個SSR位點(diǎn),其中以單核苷酸重復(fù)型SSR最多(占51.95%),六核苷酸重復(fù)型最少(僅占0.38%);SSR序列以A/T堿基占主導(dǎo),具有偏向性。(2)石榴基因組SSR序列長度變化范圍為10~252 bp,平均長度15.48 bp。不同長度重復(fù)單元類型的SSR序列長度存在豐富變異,呈現(xiàn)隨著重復(fù)次數(shù)增多,SSR序列豐度減少的趨勢。(3)根據(jù)不同類型SSR位點(diǎn)設(shè)計并合成引物140對,其中119對在12份石榴種質(zhì)中可擴(kuò)增出有效條帶,41對可產(chǎn)生多態(tài)性條帶,PIC值在0.007~0.566之間;從中篩選出多態(tài)性較高、穩(wěn)定性好的引物15對,共檢測到等位基因44個,平均每個SSR位點(diǎn)檢測到2.933 3個等位基因?！窘Y(jié)論】利用石榴全基因組序列可實現(xiàn)SSR標(biāo)記的大規(guī)模開發(fā),并可鑒定出大量適用于石榴遺傳多樣性分析、遺傳圖譜構(gòu)建、品種鑒定等研究的SSR引物。相關(guān)研究為石榴的遺傳育種研究提供了豐富的SSR序列信息和標(biāo)記資源。
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